روحانی اظهار می دارد که در ایام اصلاحات شورای عالی امنیت ملی طبق نظر مقام معظم رهبری عمل می کرده در حالی که صاحب کتاب امنیت ملی و دیپلماسی عمومی در کتابش به صراحت می گوید که خلاف مقامات عالی نظام عمل شده است.